Rutinde Dijital Patoloji

Zorluklar ve Kolaylıklar

Serdar Balcı

Memorial Patoloji

2023-09-30

Dijital Patoloji Nedir Ki?

Dijital Patoloji Nedir Ki?

Dijital patoloji deyince aklımıza hemen scanner geliyor. Koca bir makina ve değişik bir şey olduğu için ona odaklanıyoruz. Ama aslında tarama cihazları dijital patoloji için kısmen gerekli olsalar da yeterli değiller.

Dijital Patoloji

• Dijital Patoloji İçin Tarayıcı Şart mı?
• Dijital Patoloji Nerede Kullanılıyor?

Dijital patoloji deyince aklımıza hemen scanner geliyor. Koca bir makina ve değişik bir şey olduğu için ona odaklanıyoruz. Ama aslında tarama cihazları dijital patoloji için kısmen gerekli olsalar da yeterli değiller.

Dijital Patoloji
Konsültasyon

Kısmen gerekli olsalar da dedim, çünkü dijital patolojiyi konsültasyonlar için cep telefonlarıyla kullanabiliyoruz.

Dijital Patoloji
Konsültasyon

Dijital Patoloji
Manuel Tarama

Dijital Patoloji
Frozen

Frozen

Dijital Patoloji
Eğitim

Eğitim için var olan kaynaklar oldukça yeterli, biraz didiklemek gerekiyor.

Patoloji Atlası

Dijital Patoloji
Araştırma

Dijital Patoloji
Araştırma

Araştırma içinse hala daha işlenmeyi bekleyen petabytlarca açık veri var, ilgilenecekleri bekliyor. - İki cam arasını sonunda sayısallaştırdık, şimdi analiz zamanı.[^1] [^1]: Burak Buyrukbilen

Dijital Patoloji
Rutin Tanı

• Independent assessment of a deep learning system for lymph node metastasis detection on the Augmented Reality Microscope
• https://www.cnbc.com/amp/2023/09/18/google-dod-built-an-ai-powered-microscope-to-help-doctors-spot-cancer.html
• An augmented reality microscope with real-time artificial intelligence integration for cancer diagnosis

Dijital Patoloji

• Tarayıcı Şart mı?
• Tarayıcı Olunca Dijital
  Patolojiye Geçmiş Olur muyuz?

Kullanım ihtiyacınıza göre.

Tüm laboratuvarın entegre olmadığı bir durumda scanner pahalı bir fotoğraf makinası olarak kalacaktır.

Görüntünün Dijitalleştirilmesi
Patolojinin Verileştirilmesi
Sayısal Patoloji

Applied Immunohistochemistry & Molecular Morphology 31(8):p 531-532, September 2023. | DOI: 10.1097/PAI.0000000000001145

Dijital Patoloji Nedir?

Dijital Patoloji

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Alan yeni.
• Çok fazla ön yargı var.
• Maliyet.
  • Para
  • Zaman
  • Emek

• Alan yeni.
• Yapılabilecek ve öğrenilecek çok şey var.
• Çoğu kişi bilgi ve deneyimini paylaşmaya hazır.
• Ortak yapılacak çok şey var.
• Tüm laboratuvarın kalitesini arttırıyor.

Rutinden örnekler

• https://memorial.patoloji.dev/webinar/
• https://dijital.patoloji.dev/

Laboratuvar

Alışkanlıklar

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• İşe eklenen bir basamak daha.
• Nazlı bir basamak, onun yüzünden tüm laboratuvar huy değiştirmek zorunda.

• Cihazı rutin laboratuvar içine koyun.
• Alışması daha kolay.

Analitik Süreç

• Eski Preanalitikler
• Yeni Preanalitikler

Barkod, Karekod, Datamatrix

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Tüm basamaklarda barkod gerekli

• Farklı firmalara ait cihazlarda ortak kod oluşturmalı
• Cihazlar arası geçişte manuel yazım olmamalı
• Cihazların kendine ait işleyiş kodu ile biyopsi numarası aynı kodda farklı olarak yer alması

• Barkod olmazsa
  • Uyumsuz olarak belirlenip geçici alana kopyalanıyor
  • El ile bunları taşımak gerekiyor
  • Bu sırada hatalar oluyor
  • Geçici alanda biriken dosyalar sistemin performansını düşürüyor
  • Lamdan haberi olmayan patolog raporu o lama bakmadan yazabiliyor
• Barkod yok, kaos var.

• Biyopsi numarası, Blok numarası, Boya ismi

• Vakanın takibi, kontrol basamakları

• Geri dönük tarama

• Sanal mapenin düzgün oluşması

• Lamların sıralı dizilmesi

• HE ve Özel boyaların sıralı dizilmesi

• İlgili algoritması çalışacak lamların tespiti
  • Ki-67 düzgün bir şekilde düzgün yere yazılırsa bu lamda algoritma taramadan hemen sonra çalışacaktır. Aksi halde algoritmayı manuel çalıştırmak gerekecek.
  • Prostat algoritmasını sadece tru-cut ise çalıştır

Makroskopi

• Makroskopik görünütler biyopsi numaraları ile eşleşir
• Görüntüler raporlama sırasında erişilebilir

Gömme

Düzenli gömme

Bıçağa göre açılı gömme vs düz gömme

Kesit

• 952 MB (40x)

• 106 MB

• 99 MB

Kesit kalınlığı

Kesitin merkezde olması

Katlantılar

Kapama

• Baloncuk
• Lam ve lamel kalınlığı

• Sığmayan lamları zorlamamak lazım

Temizlik

Doku sanılan artefaktlar

Odaklanma sorunu

Kalibrasyon

Hastane BYS, Laboratuvar BYS

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Farklı firmalar.
• Değişen firmalar.

• Entegre sistem ile tüm kliniğe ve eski tetkiklere kolay ulaşım.

PACS, Depo, Arşiv

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Eski biyopsilere kolayca ulaşıp karşılaştırma yapabilme.
• Fiziki arşiv hala en iyi yedek.
  • Ama lamlar soluyor, tozlanıyor, çiziliyor.

Hangi Arşiv?

• Kağıt ve cam arşiv
• Dijital arşiv

İş Akışı

• Zorluklar
• Kolaylıklar

Patolog

Alışkanlıklar

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Validasyon çalışmaları: Alışma süreci

Alışkanlıklar - 2

Ekran

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Yeni kuşak patolojinin yeni ergonomi sorunları
• Yeni bir postür
• Yeni bir çalışma düzeni

• Geniş alanda bakma.
• 1x, 2x büyütme

• ICC profile

Navigasyon

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Yeni kuşak patolojinin yeni ergonomi sorunları
• Kas hafızası

When your muscle memory kicks in and you try to shake hands before the game, but your opponent is missing! #FIDEWorldCup pic.twitter.com/yInEUqpyJC

— International Chess Federation (@FIDE_chess) August 20, 2023

Navigasyon
Çoklu (Senkron) Ekran

Not yazma

• Manuel notlar

• Dijital notlar

• Standart notlar?

Vakanın tümü tarandı mı?

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Radyoloji mantığında tekniker görüntüleri hazırlayıp gönderiyor
• Patolojide tüm lamların tarandığından emin olmak lazım

• Eğer PBYS yeterli ise her lamın bilgisi olacağından eksik lamlar tespit edilecektir.
• Sadece blok sayısını karşılaştırmak yeterli değil:
  • Sitoloji
  • (İmmüno)histokimya
  • yeni kesitler, çoklu kesitler

Lamın tümü tarandı mı?

Lamın tümü tarandı mı?

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Tüm lamı tararsak boşluklar gereksiz yer kaplıyor.
• Otomatik doku tespiti küçük dokuları atlayabiliyor.

• Boş şeritleri atlayarak tarama.
• Otomatik doku tespiti.
• Alan seçerek tarama.
• Literatürde atlanan küçük dokuların tanısal sorun yaratmadığına dair çalışmalar var.
  • Ama bu patolog obsesyonuna çare değil.

Lamın tümüne baktık mı?

• Cama işaretleme
• Dijital işaretleme

Çalışma Hayatı

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Her zaman, her yerde çalışma.

• İstediğin zaman, istediğin yerde çalışabilme.
  
• Şehir, ülke, saat sınırlaması kalmadı.
• Yurtdışında çoğu merkez konsültasyon için dijital görüntüleri kabul etmeye başladı.
• Konsültasyon kolaylaştı.
• İş listeleri

Sitoloji

Preparatın taranması

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Odaklanma
• Z-stack

• Sıvı bazlı
• Alan küçük

Patoloğun taraması

• Zorluklar
• Kolaylıklar

• Büyük büyütmede tüm alanlara bakmak lazım.
• Patern analizi kısıtlı.

• ??

Başka Sefere

• Tarama
• Arayüz
• Araştırma
• Yapay Zeka

• Hangi tarama cihazı
• Cihazın tarama hızı
• Cihazın sunucu ile bağlantı hızı
• Sunucu kullanıcı ile bağlantı hızı
• HBYS, PBYS entegrasyonu
• Işık netlik ayarı
• Tarma şekli
  • Tüm lam
  • Doku tespiti
• Dizme sırası
• Racklardaki boşluklar
• Taramanın durdurulması
• Tarama kalitesi
• 20x vs 40x
• Farklı lamlar
  • Cam lamel
  • Kalın lam
  • Mega kaset

• Patolojiye uygun arayüz
• Sanal mape
• Annotasyon / İşaretleme

• Vaka seçimi
• Rapor etiketlemesi
  • Metin madenciliği
• Görüntülerin export edilmesi
• Anonimleştirme

• Yapay zeka hangi lamlarda kullanılabilir.
• Lokal mi, bulut mu?

Teşekkürler

Sonuçta her zorluk bir kolaylıkla beraber geliyor.
En iyisi bir işi bitirince hemen diğerine başlamak.

serdarbalci.com

@serdarbalci

serdar-balci-md-pathologist

sbalci

Patoloji Atlası

Patoloji Atlası

Histopathology Atlas

Örnek Rutin Vakalar

• memorial.patoloji.dev/webinar
• dijital.patoloji.dev

patolojiatlasi.com

• Günlük Pratiğimizde Dijital Patoloji

• Dijital Patolojiye Geçerken

• Patolojide Yapay Zeka

• Leeds Guide to Digital Pathology

• The Leeds Guide to Digital Pathology Volume 2